1. rész: A Bunyó Elkezdődik: Egyik nap Dan Kuso éppen egy Akira nevű gyerek ellen készül bunyózni, ám helyette Akira bátyja, Shuji ellen kell harcolnia. A csata elkezdődik, ám eközben Fear Ripper és Dragonoid harcolnak. A küzdelem folytatódik, és akkor Dan előtt feltűnik a két harcoló bakugan. Végül Dan győz. Ezután Drago beszél Dannek, s meg akarja értetni vele, hogy a bakugan több egyszerű játéknál.

2. rész: Álarcos Bál: Úgy tűnik, egy Masquerade(Álarcos) nevű fickó nagyon tehetséges bakuganozó, s közben a világ minden tájáról lopkodja a gyerekektől a bakuganjaikat. Amikor ezt Dan megtudja a netes haverjaitól, úgy dönt véget vet Masquerade mesterkedéseinek. Shuji eközben bosszúra készül, de megint veszít Dan ellen. Ezután Dan és Masquerade is találkoznak.  Masquerade használ egyfajta végzet lapot, mellyel egy másik dimenzióba küldi az ellenfél bakuganjait... Végül Dan majdnem veszít...

3. rész: Baráti Viszály: Masquerade találkozik egy tehettséges fiatal bakuganozoval, Rikimaruval. Ad neki egy különleges bakugant, s megbízza azzal hogy intézze el Dant. Drago még ekkor bizonytalan hogy Dan hasznos-e számára, de úgy dönt hogy Vestroia érdekében összeáll vele. Rikimaru és Dan ezután harcolnak, Rikimaru nyerésre áll, ekkor Dan parancsait megszegve, végül Drago győz. Dan és Drago összevesznek, és a sárkány a vízben végzi.

4. rész: Dan és Drago: Dan nehéz időket él át Drago nélkül. Ő egyszer ledobta Ryo nevű osztálytátsának a laptopját, s figyelmenkívül hagyta az érzéseit. Nem is foglalkozott vele. Később Masquerade kihasználja Ryo érzéseit Dan iránt, s legyőzeti vele Dant. Majd később Dan végre megtalálja Dragot, s újra kihívják Ryot. Ryo ekkor még mindig Masquerade befolyása alatt volt... Végül Dan és Drago nyert.

5. rész: Runo Szabályok: Runo és Dan egyszer csak összefutnak, s meglepődnek, hogy ténylegesen ugyanabban a városban élnek. Dan véletlenül elejti a BakuPodot, s elmegy, Runo eközben felveszi. Ő úgy gondolja hogy Dan kételkedik a képességeit illetően. Majd miután azt hiszi hogy Masquarade kiakarja hívni Dant, a folyóhoz megy, ám Tatsuya lesz ott Masquerade helyett.

6. rész: Egy Kombinált Csata: A vidámparkban Dan és Runo jól szórakoznak, ekkor Kenta és Kenji előadókat meglátják, s azok megkérik őket, hogy húzzanak egy-egy kártyalapot. Dan egy végzet lapot talált, s ekkor rájött hogy a testvérpár is Masqueradenek dolgozik. Ezután Kenta és Kenji kihívják Őket. S nem tudják eldönteni ki menjen. A testvér ekkor azt javasolja, legyen 2 vs. 2. Vajon Dan és Runo hogy tudnak együtt működni? Az elején szinte sehogy, rosszul áll a szénájuk. Ám végül sikerül győzniük...

7. rész: Bakugan Bálvány: Maruchoról kiderült, hogy titokban Danék környékére költözött a családjával. Ekkor meghívja a lakásába barátait, s kiderül hogy gazdag családból való. Máshol a híres pop-duó találkozik Masquerade-el. Jenny és Jewls. S utána egy üzleti ajánlatot tesz nekik. Maruchonak és Dannek ellenük kell most kiállni.

8. rész: Lányok Csak Szórakozni Akarnak: Jenny és Jewls úgy tűnik nyerésre állnak, ám ekkor Preyas egy különös erőt szabadít fel magában, s végül sikerül győzni. Később Drago elmesélte, hogy egy napon egy Michael nevű ember jelent meg Vestroiában.

9. rész: Csata vagy Repülés: Masquerade manipulál két srácot, Kosukét és Takashit, ha legyőzik Danéket, akkor segít Mui öccsét megkeresni... Runoék Alicere várnak, eközben a repülő téren Dan eltéved. A csatában Runo és Marucho vesz részt, s végül Alice taktikai tippjeivel legyőzik a két fiút.

10. rész: Tökéletes Meccs: Julie, és egy gyerekkori barátja csatáznak éppen... Miután Julie meglátja Cycloidot, Ő is akar legbelül egy védő bakugant, de ezt tagadja. Majd mikor beismeri, ott lesz a polcán, egy Subterra Gorem, akivel sikerült Julienak nyernie Billy ellen.

11. rész: A Fiú a Szélben: Maruchoék rájönnek, hogy a brawlersek ereje nem ér fel Masquarade erejével. Dan tudta nélkül felkeresik Shunt, Shun először semmiképp nem akar velük tartani, végül utánuk megy, s megegyeznek abban, hogyha legyőzik Shunt, akkor Shun velük megy. Végül Shun nyert.

12. rész: Idő Állj: Alice rájön, hogy lehet kapcsolatban van a gonosz Hal-G-vel, de nem meri elmondani a többieknek. Dan eközben visszaemlékszik az utolsó Shun elleni csatában. S rájöhetünk miért lépett ki Sun. Shun anyja meghalt, de még előtte odaadta neki Skyress, egy különleges bakugant, hogy vigyázzon Shunra.

13. rész: Az Csak Shuné: Masquerade már szinte világszerte elszedte a gyerekek bakuganjait. Eközben Dan rájön a Shunnál tett látogatásra, s végül úgy dönt Ő is elmegy Shunhoz. Amikor megérkezik, na ki van ott Shunnal? Masquerade. Végül Dan kiáll mindkettejük ellen. Dan vesztésre áll, ám Shun megmenti Dragot, s végül együtt legyőzik Masqueradet.

14. rész: Vestroia Sztorija: A TOP10-ből 5 játékos elmegy Masquerade házába, megtudják Vestroia történetét. Később Masquerade megbízza őket, hogy intézzék el a battle brawlersöket. Később a brawlersök rájönnek hogy ki Alice nagyapja, s ki a felelős mindezért...

15. rész: Párbaj a Sivatagban: Ebben a részben Julie és régi jó barátja Billy, a 10. helyezett játékos kerül egymással szembe. A társa pedig Komba. Julie vajon képes legyőzni régi jó barátját?

16. rész: Nincs Mersz, Nincs Dicsőség: Julie harca a barátja ellen, szomorúságot okoz neki, s depis lesz. Eközben Dan kiáll Chan Lee ellen, aki a világ 3. legjobbja. Vajon ki győz?

17. rész: BFF: Legjobb Barátok Mindörökké: A bunyósok zsákutcába kerültek az infinity core keresésének közben. Arra gondolnak, hogy a webmesterük, Joe a kém. Majd másnap Klaus von Hertzon azt állítja hogy tudja hol az Infinity core. Azonban hazudott, Ő is Masquerade embere. S végül Preyast a végzet dimenzióba küldi.

18. rész: Evolúciós Forradalom: Klaus azt állítja Maruchonak, hogy még visszaszerezheti elvesztett barátját. Runoval neki is vágnak, s Masquarade barlangjába jutnak. S ott rájönnek: Akié az infinity core lesz, az lesz a végső bakugan. Ekkor Runo és Dan kiáll Julio ellen. Vajon melyikük fog győzni?

19. rész: Kemény Csata: Marucho még mindig gyászol Preyas miatt. Julie továbbra is Billy miatt depis, s megpróbálja visszaszerezni elvesztett barátját. Ekkor Dan és Runo Julieval Németországba mennek, hogy legyőzze Julie Billyt. A csata hevében Julie választás elé állította Billyt. Vagy engedi őt a végzet dimenzióba küldeni és Masquerade a rangján emel, vagy Juliet megmenti a végzet dimenzió elől, és végül jól döntött...

20. rész: Egy Kis Segítség Barátaimtól: Shun külön válik a csapattól. Alice próbál beszélni vele. Ám végül nem épp sikeresen. Shun és Alice találkoznak Kombával, s Komba kihívja Shunt. Shunnak meg kell tanulnia, hogy a barátai fontosak, vajon sikerül neki? Vagy Harpussal legyőzik Skyresst, és a végzet dimenzióba küldik?

21. rész: Az Én Jóbarátom: Masquarade parancsa miatt, Julio, Klaus és Chan Lee Danékre támad. Dan, Marucho és Runo állnak ki ellenük. Eközben Preyas váratlanul feltűnik, Klaus kezében. Marucho feltudja vajon dolgozni az árulást?

22. rész: Drago a Tűzben: A csata egyre hevesebb lesz. S Drago majdnem veszít. Ám végül átalakul. Végül sikerül győzni, de Klaus tulajdona marad Preyas. Ekkor Klaus visszaadja azt a jogos tulajának.

23. rész: Mondd azt hogy Nem Vagy Joe: A brawlersek rájönnek, hogy Joe egy közeli kórházban van. Danék elindulnak, eközben Dan lemarad a többiektől, s így külön keresik Joet. Dan találja meg legelőbb. Drago ott volt a szobájában(amúgy elhagyta) és Dan megvádolta hogy ellopta, s kihívta Joet. Joe elfogadta a kihívást, s felmentek a tetőre, ott elkezdtek csatázni, s kiderült hogy Joe Haosban játszik. Ám végül összeesett, s a kóházi szobába visszavitték. Miután Joe felébredt, elmondta a történetét. S ebben a részben kiderült, hogy Naganak van egy ikerhuga, Wavern.

24. rész: A Siker Titka: Alice segít egy 7 éves fiúnak, Christophernek, hogy legyőzze a vetélytársát, Travist.

25. rész: Bizalmam: A bunyósoknak van okuk feltételezni, hogy a kém az Ő körükben van. Dan és Runo Alicet követik, mert Runo szerint Ő a besúgó. Míg Julie Shunt vádolja meg ezzel. Vajon tényleg van-e kém közöttük, vagy ez hazugság?

26. rész: Szétszakadás Végzet Dimenziója: A bunyósok egy utolsó csatára készülnek Masquarade ellen. Azonban Masquarade jól készül felfele, a TOP10-ből az 5 csatlósát legyőzte. S ettől, Hydranoid Dual Hydranoiddá alakult át. Utolsó remény, a bunyósok. Ám ekkor Runo úgy dönt, hogy kilép. Mert félti Tigrerrát. De végül Dan segít neki visszatérni. S ez az Old Vestroia első felének vége.

27. rész: Mutasd Meg: Joe közölte a bunyósokkal, hogy a legjobbakat Masquerade már elintézte. Ezután egy stratégián gondolkoztak. A stratégia visszafelé kezd el sülni, amikor Masquearade kihívja Dant. Drago és Hydranoid most fej-fej mellett vannak, ám Hydranoidnak több feje van, így a győztes Ő. Dan és Drago a végzet dimenzióba került.

28. rész: A Bunyósok Utolsó Felállása: A bunyósok szomorúak Dan elvesztése miatt. Ezután Shun kap egy üzenetet, s úgy döntött, hogy Dan után megy. Miután Skyress rájön a tervére, mepróbálja a többi bakugant összegyűjteni, s az emberek nélkül megmenteni Vestroiát. A többiek úgy döntenek csatlakoznak Shunhoz, Runo lesz az első, s egy ígéretet tesz Dan anyjának.

29. rész: Rémálom Doomsvillben: A végzet dimenziót a 6 ősi katona készítette, s úgy döntöttek, ott fogják próbára tenni a bunyósokat. Julie és Gorem épp eggyütt mentek, amikor Julie "nővére" ellen kellett harcolniuk. Clayf álltal készített illúzió volt. Gorem segítségével Julie rájön, hogy nem kell hasonlítania a nővérére. Ezután Gorem Hammer Goremmé fejlődött.

30. rész: Én Vagyok Marucho, Megtudom az Ordításom: Maruchonak Frosch ellen kell harcolni. Preyast már az elején használnia kell. S ekkor rájön, hogy a saját árnyéka ellen harcol. Preyasnak végig fáj a hasa. Marucho a régi énjét nem szerette, hisz mindig szófogadó volt, de csak hogy a szülei boldogok legyenek. Miután elfogadta a régi önmagát, segített Preyas "emésztési problémáin" s ekkor kiöklendezte Angello/Diablo Preyast. Végül győznek?

31. rész: Egy Hely Távol az Otthontól: Shun, a Ventus úrnő területén ragadt. Oberus egy olyan illúziót küldött rá, amely az édesanyja volt még kiskorában. Ellene kellett harcolnia Shunnak. A gyerek majdnem meggyőzi Shunt hogy maradjon ott. Shunnak ez nehéz választás. A csatában úgy godolja Shun, hogy nincs szüksége a barátaira. Miután ez végig futott Shun agyában, Skyress meghalt, ekkor Shun feleszmélt, s egy könnycsepp esett Skyress képességlapjára, S végül Skyress feltámadt főnixként tovébbfejlődött Storm Skyressé. Nem is kérdéses hogy ki nyert...

32. rész: Játssz Kedves Runo: Runo egy a múltjából fiatal gyerekkel kerül szembe, persze ez Lars Lion illúziója. A harc közben Runo rájött, hogy mennyit ér a Dan iránt érzett érzelmei. Amikor Lars Lion lesújt a nyilaival Tigrerrára, azt ordítja Runo: Mi örökké barátok leszünk Dan(Angol)/Szeretlek Dan(Japán). Amikor rájön erre, Tigrerrából Blade Tigrerra lett.

33. rész: Te Lemész, Bohóc: Dan Apollonir ellen harcol. S megegyeznek, hogy ha győz, akkor minden bakugan visszatér a végzet dimenzióból. Ő és Drago egy bohóccal küzdött ekkor. Dannek sikerült nagy nehezen megnyernie a csatát, de Dan nem fejlődött tovább. Amikor Dan leüti a bohóc maszkját, kiderül hogy az Runo. S rájön: Hogy Drago továbbfejlődjön, le kell győznie a bunyós társait.

34. rész: Otthon Édes Otthon: Joe eltökélte, hogy kideríti hova tűntek barátai. Ezért is kihívja Masqueradet. Eleinte úgy tűnik Wavern veszít, de Wavern képességei, az infinity corenak hála túl erősek voltak a tömény gonoszság ellen. Eközben Danék visszatérnek. Dan elmagyarázza a helyzetet az édesanyjának. S ekkor Ő megkéri, hogy Drago vigyázzon Danre. S Naga is felmerül, aki a legveszélyesebb bakugan a világon.

35. rész: Dan Utolsó Felállása: Dan közli a barátaival, hogy Drago fejlődésének a kulcsa az, ha legyőzi Őket. Julie harcol legelőször, és nagy nehezen Dan nyer. Azután Marucho ellen harcol, de újra nyer. Masquerade pedig a végzet dimenzióban van, mégpedig Alice-el szemben. Vajon ki győz?

36. rész: Mutasd Meg, Miért Váltál Ilyenné: Dan eközben harcol Runo és Shun ellen, míg ellenségük épp Exedrával és illúzió Alice-el néz szembe.

37. rész: Mondd Hogy Akarsz Egy Evolúciót: Joe felbukkan, miután Dannek már csak egy ellenfele maradt, Shun. Eközben Wavern nagyon kíváncsi Drago képességeire. Eközben a Darkus úr és Masquerade befejezik a csatát. A végén Drago nyer, s átalakul Ultra Dragonoiddá, míg Dual Hydranoid is alakul. Mégpedig Alpha Hydranoiddá.

38. rész: Álarcos Maszkja Mögött: Alice rosszul lesz, ekkor Runo bekíséri a szobájába, hogy feküdjön le. Eközben Dannek mondja az anyja, hogy az egész világban furcsa az időjárás. Joe kap egy üzit, hogy Masquerade ki akarja hívni. Dan bevállalja helyette. Végül egy nagy csata után Dan győz, s felajánlja neki hogy csatlakozzon hozzájuk. De Ő visszautasítja, leveszi a maszkját, s kiderül: Alice volt mindvégig a masz mögött.

39. rész: Álarcos Álarc Nélkül: Hal-G ismerteti, hogy született Masquerade. Mivel nem tudja magának megbocsátani mindezt, Alice a nagypapájával megy. Eközben egy nagy lyuk nyílik a tengeren. És az egész földön furcsa lesz az időjárás. A bunyósok úgy döntenek hogy a lyukba menek, vajon mit találnak ott?

40. rész: Alice Leckét Kap: Klaus és Alice elbeszélgetnek. Majd Klaus próbálja tanítani bakuganozni.

41. rész: Egy Tayghennek Hívott Hal: A bunyósok belépnek vestroiába, s rájönnek: összekeveredtek az elemek, hibrid elemmé. Ekkor belépnek a jég világában, ahol ott van Hairadee és Tayghen. Mindketten egyaránt Aquos és Ventus eleműek. Ekkor megnyílik egy portál a kövi világban. Marucho és Shuin ott maradnak legyőzni a két bakugant. Míg a többiek tovább mennek.

42. rész: A Verseny Vestroiában: A bunyósok 4 tagja átjut a Subterra-Haos világban, ahol iker bakuganok(ikernővérek) vannak. Rabedeer és Tricloid. Mindketen beleszeretnek Danbe. Az az egyetlen kiút, ha legyőzik őket egy versenyben. Dan és Drago jut át a következő világba.

43. rész: A Következő Megálló Naga-Vill: Dan és Drago a Darkus-Pyrus hibrid világba jutnak. Egy nagy hadsereget toboroznak ott. Centorrior és Druman van ott. Ekkor egy Pyrus Tigrerra megjelent, s elmesélte hogy mindezt a negatív energia tette. Centorrior és Druman legyőzi Nova Liont, tehát csak Danék maradtak ellenük.

44. rész: Ez Egy Hosszú Dobás: Alice elindul Vestroiába, hogy segítsen. A meggyengült Danhez és Dragohoz megérkezik Masquerade, s segíteni akar nekik. Centorrior és Druman mellett azonban még ott van a Serpenoid és Gargonoid sereg. Nehéz dolguk van a "fiúknak". Végül sikerült Hydranoiddal kiütni Centorriort. Drago ekkor egy csapással legyőzte Drumant. Masquerade eközben ösztönzi Alice, hogy bunyózzon, s rábízza Hydranoidot. Mikor elmennek a bunyósok, Centorrior és Druman együtt elkezdték Naga tervét beteljesíteni.

45. rész: Földi Irányítás Dan Őrnagynak: Tehát most már a bunyósoknak minden elem a kezében van. Hal-G és Naga pedig a hibrid bakuganokkal és seregjeikkel megtámadtatják a Földet. A bunyósoknak kell kitalálni, hogyan mentsék meg a világot. Joenak hála, érkezik segítség. Ekkor Naga a földre kerül, s negatív energiát ad a hibdrideknek, s Joe értesíti barátait erről. Naga elküldi az erőit Wavern miatt, s érzi Drago a szerelmének a veszélyben létét.

46. rész: Az Egy Sebzés Csodái: Wavern egy pajzsot von a város köré, így Naga és erői nem tudnak bejutni az infinity core felé. Eközben a bunyósok mennek legyőzni Naga erőit, hisz a két mag egyesülése=a föld pusztulása. Jenny, Jewls és Marucho együtt vágnak neki Tayghen legyőzésének. Eközben a rajongóik is segítenek. Vajon ki győz?

47. rész: Nincs Sár a Szemedben: Naga Tricloidba negatív energiát küld, így gonosz lesz. Julie és Billy mennek ellene. Eleinte úgy tűnik hogy győznek, ám probléma van, Naga sötét energiát küld, s legyengíti a bakuganokat. Shuji, Akira és Nene is megjelenik, s segítenek. S végül sikerült Tricloidot megszabadítani a negatív energiától.

48. rész: R mint Bosszú: Naga csapatai két vereség után beszivárognak a városba. Alice rájött, hogy Rabedeer tört be a városban. Ekkor Christopher segít neki. Dant úgy tájékoztatták, hogy Centorrior, Druman és Hairadee is halad a város felé. Majdnem legyőzi Alicet és Christophert, ekkor megjelenik Klaus, és besegít. Ekkor megjelenik Tricloid. Örülnek egymásnak. S végül elmennek.

49. rész: Erőpróba Wardingtonnál: Hairadee visszatért, mégpedig Komba és Shun ellen. Skyress belett jegelve, s Shun próbált neki segíteni kiszabadulni. Julio is besegít, s végül Hairadee veszít.

50. rész: A Jó, a Rossz és a Bakugan: Dan és Runo együtt mennek Druman és Centorrior ellen. Dan rájön hogy segítség kell. Hal-G eközben becsapja a többieket. Kivétel Shunt. Alice meglátja a nagyapját, s elviszi Wavernhez, hogy az segítsen neki. De ez egy csapda volt, Hal-G pedig elszabadítja Nagat. Ekkor Skyress veszi át Wavern védelmét. Ekkor Joet elkapta Hal-G, de Chan Lee megmentette. Wavern utolsó védvonala Fortress. Drago eközben Naga szolgái ellen harcol... Wavern pedig nagy bajban van.

51. rész: Az Utolsó Bunyó: Wavern Dragot hívja segítségül. De Dragoék nem tudják legyőzni Drumanéket. Eközben Fortress és Wavern nem bizonyul hatékonynak Naga ellen. Centorrior legyőzve, a többiek Drumannal foglalkoztak, míg Drago és Dan elindultak Nagaék felé. Drago mindenképp meg akarta védeni a szerelmét. Végül elpusztítják Drumant. Eközben Wavern azt kéri Dragotól, hogy támadjon felé. Először nem akarja, de végül úgy tesz. Naga azt hiszi hogy ellene irányul. Ám nem. Végül Dragoé lesz az infinity core, s Infinity Drago lesz beőle. Látszólag egyenlő erejűek, ám ekkor Hal-G beküldi az 5. Paladinokat.

52. rész: Játék Vége: Ahogy Hal-G elengedte az 5. Paladinokat, Naga egyre jobban erősödik. Úgy tűnik minden reménytelen. Ám ekkor a bunyósok beküldik a bakuganjaik segíteni a sebesült Dragonak. Ők elpusztítják a Paladinokat, ekkor elszívja Naga a Paladinok erejét. Ekkor a bakuganok együtt támadnak Nagara, s Naga ezt nem bírja, s felrobban. Vége Naganak! Ezután egy érzelmes búcsú veszi kezdetét. Egy portál nyílik Vestroiába. S minden bakugan vissza megy. Drago és Wavern lelke, pedig Vestroia központjába repül, hogy rendbe hozzák a világot. Ekkor a harmónia megteremtődik, a 6 elemi világ egyesül, s egy bakugan paradicsommá változik. Ezután Dan és Runo nem tom mennyi idő múlva randiznak.