Dan, és Julie elköltöztek egy új városba, s ott Dan az iskolában megismert egy Jake nevű gyereket. Az eleje arról szól, hogy Jaket várják, azután az Interspacebe bemennek, mert Jake bakugant akar, először Helix Dragot, aztán Dan nem adja, Marucho felajánlja neki Aranautot és Coredemet, s végül Coredemet választja, ám csalódik kissé. Későbbiekben bemennek az arénába, ahol Shun éppen legyőzi Shujit, s a következő meccs: Dan vs. Ren. Senki sem győz, mert a Battle Gearekk megterhelik az Interspacet. Majd ezután Dan elgondolkodik az álmon, míg Ren bevallja hogy idegen, de hazudik. Utána a barátival kiállítja Dant és Maruchot. Maruchot leveri Lena, de Dannel nem bírnak, így végül Dan és Drago meg JetKor győz. Később felbukkan egy Neathiai, Fabia, mégpedig ő a hercegnő. Nagyon harcias, a reflexei odavágnak Dannek. Ren kissé rossz helyzetbe hozza szegényt, majd Dan ellen kénytelen kiállni. Azután még Aranauttal is veszít, így elmegy, mert nem hisznek neki, kivétel egy valaki: Shun. Később felbukkan egy Mason nevű idegen, azaz Ren egyik haverja. Lever egy ventusos fiút, ezután azt akarja a közönség, hogy Dan ellen harcoljon, ám végül Jake áll ki ellene. Jake veszít, majd Julie tanácsokat ad neki, így másodszorra legyőzi a kemény ellenfeleit. Később megjelenik Zenet Surrow is, és végül harcba keveredik Rennel és Dannel, Sid oldalán. Zenet áldozatával végül sikerül győznie Sidnek. Ezekután Marucho és Ren dolgoznak az Interspaceen, és Ren egy csapdát helyez el abban az arénában amelynél Dan harcolna Jesse ellen. Jesse már ott várja, ám ekkor megjelenik Princess Fabia és Shun. Lebuktatják a csata segístégével Rent, aki mentené magát, de már nem lehet. Végül Marucho is elfut, Ren után mert nem akarja hogy a legújabb legjobb barátja gonosz legyen. Marucho elkezdi keresgélni Rent, majd eközben a többiek Maruchot. Ren eközben pedig a többi emberszerű gundaliannal találkozik, azok leszidják kicsit, ezután viszont kihívja Marucho. A csata elején Ren áll jobban, aztán Marucho kiegyenlít, a többiek is megérkeznek, Marucho végül győz, majd Ren felfedi az igazi alakját, utána felajánlja Maruchonak hogy az hagyja el a bunyósokat, de nemet mond végül. Majd újra felbukkannak Ren, és az eredeti barátai. Gyerekeket gyűjtögetnek össze, hogy felhasználják a bunyósok és Neathia ellen. Majd Sid és Mason emberekkel kiállnak Dan, Shun és Jake, Marucho párosok ellen. Vesztenek, ám ekkor Ren kidobja őket az Interspaceből. Aztán Dan és Jake, Coredem segítségével bejutottak végül, és találkoztak azzal az ikerpárral amely épp azon a napon ment be erőszakosan. Ren nagyon meglepődött. Majd végül Danék győztek. Azután Fabia és "Marucho" is bementek a gépbe. Lena és Zenet megérkezett. Kihívták őket, végül kiderült hogy az csak egy Avatar Marucho volt, az eredeti a vezérlőbe ment. Ren elmesélte a múltját Linehalttal ebben a részben, aztán beszélt Maruchonak, majd Marucho megmenti Fabiat. A 11. részben megérkezik Linus, Shunnal találkozik, majd Ren és Jesse kihívják őket. Kiállnak ellenük, azonban végül Jesse nyer. Fabia eléggé aggódott, hogy Linusnak baja esett-e, végül felébredt. Dan megígérte hogy visszaszerzik Neo Ziperatort. Sid ellopja Rentől Neot, majd kihívja Dant. Végül bedobja Neot, ám ekkor az az elemet odaadja Helix Dragonak, és átalakul Lumino Dragová. Így győznek, Sidet pedig Barodius elé vezetik. Rubanoid kisérleti alany lett, Kazarina laborjába, mert rátámadt Barodiusra, Siddel meg kitudja mi történt. Zenetet küldi Ren, hogy megszerezze az elemet, azaz Dragot. Végülis Julienak álcázza magát, de megérkezik az igazi Julie, s lebuktatja. Danék nyernek a végén a Cross Busterrel. Ezután Neathiára mennek, megismerik a szent gömb történetét, de jönnek a Gundalianok. Danék megmérkőznek velük, rosszul állnak. Ezután felragyogott a szent gömb, majd eltűntek a gundalianok, vissza Gundaliara. Neathia második pajzsát lerombolják, így csak 1 pajzs védi. Most már reménytelennek tűnik, de Marucho kieszel egy tervet így elindulnak. De előbb el kell a gundalianok figyelmét terelni. Erre először Marucho és Jake "jelentkeziK". Danék átkeltek egy dzsungelen, ahol bajba is kerültek valamennyire, majd megjelent Stoica és Jesse. Dan és Shun kicserélték bakuganjaikat, aztán pedig Shun elment a second shield reaktorhoz. Fabia és Dan pedig legyőzték Stoicáékat. Majd Shun odaért a Second Shield generátorához, ám ekkor megjelent Kazarina és Lena. Elég jól tartotta magát, de a végén majdnem vesztett. Azonban megjelent Dan és Hawktor, aztán Dan átvette a csatát. Shun meg aktiválta a generátort. Végül Dan nyert, aztán aktiválódott a second shield. Majd a 18. részben Jake és Dan összezördültek, Jake elment, Fabia utána. Jesse megszökött a börtönéből. Rent utánaküldték, de Jesset nem akarta visszavinni. Kiálltak Jakeék ellen. Végül vesztettek, aztán a rész végén Jesse meghalt, csak mint az előző részben Lena. Majd Nurzak és Ren mentek Neathiára, eközben Kazarina és Mason is. Mason megszökött, Renék pedig harcba keveredtek Maruchoékkal, majd végül a Sacred Orb véget vetett ennek, Masont pedig elteleportálta. Kazarinát megbüntette Mason miatt Barodius, majd Nurzak és Kazarina szövetkezni kezdett. Gill elindul Neathiára "Rennel". Mivel Zenet nagyon aggódott a sorsáért, kiadta magát Rennek, majd lebuktatta magát, végülis Krakix mutatta meg Gillnek hogy ő Zenet. Gillék miközben a Second Shield adatait nézték, Zenetnek kellett volna lefoglalnia Shunt, de Zeneték elcseszték, végülis Zenet is a többiek sorsára jutott Gill által, miután becsapta. Nurzak a következő részben elindult Neathiára, de megállította Barodius, majd megjelent Kazarina, azonban kiderült, hogy Kazarina Barodiusszal van, s nem vele. A első kört megnyeri Nurzak Barodius ellen, de a másodikban meghal, majd elkezdődik Exokor fejlesztése. Miközben Kazarina Exokort fejleszti, a gundalianok lefoglalják a Neathianokat és a Castle Knightst. Koji és Impalaton majdnem le is veri őket, de végül nyernek a Mobile Assaulttal Danék. A 23. részben Sid visszatér, kiderül hogy élnek Zeneték, majd megszökik Kazarina laborjából. Aztán a Ren vs. Danbe bekapcsolódik, de végülis vesztenek. Megjelenik majd Dharak, s Sidet már csak Ren tartotta. Sid öngyilkos lett, csak hogy Rubyt mentse. A 24. részben elkészül Exokor, s elkezdődik a Twelve Orders támadása. Nagyon szétverik a Castle Knightst, de végül Ren átáll Dan oldalára, s elárulja császárát. A 25. részben pedig Ren és Barodius harca van, Barodius vissza akarta hívni Rent, de az nem ment bele. Mindegyik Castle Knights elbukott, kitört Linehaltból a tiltott erő, végül a Dragonoid Colossus leállította. Ren úgy döntött, hogy csatlakozik Danékhez, de ez Fabianak nem tetszett. A 26. részben Ren nem tudott bemenni Neathiára, majd Marucho utánament, közben kiderült, hogy Fabianak volt egy jegyese, akit régebben megölt Kazarina, és azért volt Aranaut, majd Rent kihívja Fabia, végül Fabia nyer, de Fabia elfogadja, hogy Ren jófiú lett. A 27. részben Kazarina csapdába csalta Jaket, majd aztán legyőzte, és végül magával vitte. Dan pedig magát okolta. A 28. részben Dan Jake után menne, de Jake visszatér. Aztán rájön hogy Jaket hipnotizálták, így csapdába csalja, majd kihívja, amiben Jake használja az első Fejlesztett Fúziós Képességet. Shun segítségével igaz leveri, azonban Jake Kazarinával megy. A 29. részben Dan magát okolja, és meg akarja menteni Jaket. De a Dragonoid Colossus kihívja, végül nyer, majd Drago átalakul. A rész végén Dragonoid Colossuson elindultak mind, és Nurzak meg Mason. A 30. részben beszivárogtak Gundaliara Danék, majd legyőzték a kastély bakuganjainak nagy részét a Colossus segítségével. Aztán bejutottak a kastélyba, majd Gill és Airzel csapdát állított Shunnak és Maruchonak, Fabia, Nurzak, Mason és Ren pedig elmentek megmenteni Lenáékat, míg Dan végül elért Barodiushoz. A 31. részben harcolt Dan Barodius ellen, és a Colossus segítségével nyertek, viszont Jake leütötte Dant, és Fabiaék szembekerültek Kazarinával és Stoicával. A 32. részben Nurzakék harcoltak Kazarináék ellen, azonban az első harc után megnyílt a Föld és lezuhantak. A második harcban pedig elsodorta Lythirus támadása Nurzakot, mert az megmentette Fabiat. Jesseéket pedig hipnotizálta kazarina, majd Dant is. A 33. részben Jake kiadta a bunyósokat a gundalian katonáknak, majd szembeszállt vele Marucho, és végül döntetlen lett. Jake a törmelékekkel zuhant, így nem tudni hogy túlélte-e. A 34. részben elkezdődnek a harcok a kastélyban. Kiderül hogy Jake él, és Kazarina vele akarja megöletni Dant. Dharakot pedig átalakította Kazarina, és elindul Barodius Neathiára. A 35. részben végül felébred Jake, és aztén leüti Kazarinát, mielőtt megölné Dant. Aztán Fabia is betoppan. Lumagrowl elmondja Jinről a dolgokat Aranautnak, de kiderül hogy Aranaut mindvégig tudta ezt. Aztán harcolnak. Dan is felébred, de végül Lumagrowl kiüti őket. Közben Dharak Neathiára könnyedén bejut. A bunyósok megtudják, hogy Barodiusék bejutottak, de szembe kell nézniük a Twelve Ordersszel. Végül a 36. részben sikerül legyőzniük őket, majd elmennek a Colossuson Neathiára, kivétel Fabia. Fabia ottmarad, és harcol tovább Kazarina ellen. Mikor már nagyon rosszul áll, megjelenik Mason és Nurzak. Közben Stoica és Airzel elmennek Neathiára, de Gill Gundalian marad. A 37. részben Gill megölte Kazarinát, Aranaut legyőzte Lumagrowlt végül, Jesseék a hipnózisból így kijutottak, és elkezdődött Neathián a végső harc, a Sacred Orbbért! A 38. részben Fabiaék visszajutottak Neathiára végül. Gill is megérkezett oda, majd Barodius megölette Dharakkal. Végül a Gundalianok közül már csak Barodius maradt(mint gonosz). Bejutott végül a kastélyba Barodius, de ekkor eljutottak a Code Evehez. A 39. részben elkezdődött a végső csata a Code Evenél Dan és Barodius között. Az első kört megnyerte Dharak, azonban a többi 2-t már Drago, így a győztes Dan és Drago lett. Közben Linehalt az erejét felhasználta hogy rendbehozza Neathia természeti sebeit. Végül Barodius és Dharak eltűnt vagy meghalt a Sacred Orb álltal, Drago átalakult és mindenki hazatért.