1. Helyszín: Interspace/Japán- Ipari Terület; Történet: Bevezető/Találd meg Dant és Maruchot!
   

A karakterünk és Dan találkozik az Interspaceben. Úgy döntenek, hogy gyakorolnak. Azonban, miután véget ér a harc, történik valami baj az Interspaceel, majd Dannek sikerül az Interspaceből kimenekülnie, de a karakternek nem, végül elkerül egy alternatív dimenzió Földjére.

Ellenfél: Pyrus Scorpionok és Pyrus Maxus Dragonoid

Az Alternatív dimenzió Földjén a Vexos épp feladatot kapott, hogy intézzék el a Brawlersöket. Ami sikerült is nekik. Mindegyiktől elnyerték a bakuganját, kivétel Dragot.

A karakter amikor felébred, meglát egy felvételt, amelyen Spectra van, amint legyőzi Danéket, majd egy kristállyal akadályozza hogy bakuganozzanak. Úgy dönt, hogy odamegy. Végül Drago találkozik a karakterrel. A karakter elkezdi keresgélni Dant és Maruchot Dragoval, közben rengetek veszély leselkedik rá, hiszen a Vexos emberei figyelnek. Amint odaér a karakter, Spectra elhagyja a helyszínt, majd Shadowval kerül szembe a karakter. A cél, hogy a kristályt elpusztítsa! Végül sikerül neki, majd Shadow megpróbálja a kristály energiáját a karakter ellen használni, azonban nem megy neki, aztán elmenekül... A karakter elmeséli hogy mi történt vele, majd megtudja, hogy valami kód kell hogy hazajusson, amely Miránál van.

Ellenfél: Darkus Fortress, Darkus Kristály

2. Helyszín: Japán- Dokkok; Történet: Találd meg Mirát!
   

Tehát Mirát meg kell találnia a karakternek. Éppen Shadowval néz szembe. Szóval a karakter megkeresi, majd mikor megtalálta, rá kell jönnie, hogy Shadow elnyerte Wildát és Elfint. A karakter kiáll Shadow ellen, Shadow Elfint küldi ellene na meg pár Fortresst, közben még egy épületet is kell védeni. Miután Shadow vesztett, úgy látta jónak, hogy elrabolja Mirát.

Ellenfél: Aquos Elfin, Darkus Fortress

Megnyitható bakugan: Aquos Elfin

3. Helyszín: Britannia- Vidéki Város; Történet: A kristály vezetője felé!
   

El kell jutni a kristályig. Mikor egy épülethez ér a karakter, megjelenik egy furcsa lény, amelynek a neve Abyss. Abyss ad egyfajta hologram gépet, de amikor aktiválja a hologramot, megjelennek Vexos katonák, majd rájuk szabadítanak Haos Dynamokat. Végül sikerül neki győznie. A hely pedig helyreáll. A következő állomás: Ace!

Ellenfél: Haos Dynamo, Haos Kristály

4. Helyszín: Britannia- Külváros; Történet: Találd meg Acet!
   

A karakternek tehát meg kell találnia Acet, közben Drago aktivál egyfajta szemüveget, amellyel láthatja a rejtett csapdákat, amelyet a Vexos állított. Végül odaérnek Acehez, de Ace már elvesztette Percivalt. Azonban ekkor megjelenik egy Vexos katona, majd aktivál egy kristályt, és rájuk küldi a Tripod Epsilonját és Tripod Thetáit. És meg kell közben védeni az épületet.

Ellenfél: Aquos Tripod Epsilon, Aquos Tripod Theta, Aquos Kristály

5. Helyszín: Britannia- Régi Kastély; Történet: Kövesd Acet!
   

Az öreg kastélynál Volttal találkozik Ace, a karakter is utána megy. A karakter nem meri előbb kihívni Voltot, de aztán Shun bíztatja, majd megteszi. Percival és Falcon Fly ellen kell kiállnia! Közben védenie kell egy épületet. Miután Percivalt elintézte, még nem nyugodhat a karakter, le kell győznie Brontest is! Visszaálltak az épületek, majd Percivalt elnyerte a karakter. Shun viszont elmegy, otthagyja őket. „Otthon” pedig Maruchoék találnak egy Maxus darabot, mégpedig Spyderfencert.

Ellenfél: Darkus Falcon Fly, Darkus Percival, Darkus Kristály, Haos Brontes

Megnyitható bakugan: Darkus Percival

6. Helyszín: Kína- Hegyi Falu; Történet: Találd meg Baront!
   

A karakterünk kénytelen megkeresni Baront, hiszen bajban van. Nemust elnyerte Lync, végül sikerül is megtalálnia a sok csapdán keresztül. Közben a karakter kapott egy kis „ninja-kiképzést Shuntól”. Ki kell állni Lync ellen. Falcon Flyokat küld ellenünk, így könnyen legyőzhetjük, közben az épületet is kell védeni. Egy barát ellen már nehezebb győzni… hiszen Lync beküldi ezután Ingramot, majd utána Nemust. A házak rendbe jönnek, majd Lync elmenekül. Mylene közben figyelte őket, s csapdába akarja csalni a karaktert.

Ellenfél: Darkus Falcon Fly, Ventus Ingram, Haos Nemus

Megnyitható bakugan: Ventus Ingram, Haos Nemus

7. Helyszín: Kína- Völgyi Falu; Történet: Kövesd az árnyt!
   

Miközben a karakter Danékkel eljut Kínába újra, meglátja Mylenet, de nem tudja ki az, és mivel kíváncsi követi. Mylene úgy rendezi, hogy mindenképp kövesse, aztán felajánlja neki, hogy hazajuttatja, csak álljon az oldalára. Megérkezik Ace, majd helyreteszi a dolgokat, de a karakter nem tudja, hogy kinek higgyen. Aztán Mylene rátámad, Tripod Thetakkal és Haos Piercianekkel. Meg kell védenie egy épületet is. Miután győz, az épületek is rendben vannak.

Ellenfél: Haos Piercian, Aquos Tripod Theta, Aquos Kristály, Haos Kristály

8. Helyszín: Japán- Felszámoló Oldal; Történet: Találd meg Mirát!
   

Mikor odaérnek Danék, akkor már ott volt Shadow és Mira. Shadow ki akarja próbálni az új bakuganját Hadest, éppen ezért is kihívja a karaktert, majd elkezdik a csatát. Végül a karakter nyer, így kénytelen elmenekülni, de ez nagyon nehéz volt! Hiszen előbb Wildát is el kellett intézni. Miután győz, rendbe jön a hely, és visszanyeri Wildát. „Otthon” pedig hazamehetne már a világába a karakter, de úgy dönt hogy még marad. Megjelenik ekkor Abyss, majd átalakítja Dragot. És azt mondogatja: „I’m the core, defend the core!” Spectra és Gus kap egy kis fejmosást Zenoheldtől. Maruchoék megtalálják a Maxus alak következő darabját, Subterra Grakas Houndot.

Ellenfél: Subterra Wilda, Darkus Fortress, Darkus Hades, Darkus Kristály

Megnyitható bakugan: Subterra Wilda, Pyrus Cross Dragonoid

9. Helyszín: Kína- Sivatagban; Történet: A kristály vezetője felé
   

Lync már várta a karaktert és Danéket egy Ventus Kristállyal. A karakter kiáll ellene, majd végül győz a Hylashek ellen. De aztán jön, Altair és Wired. Közben oda kell figyelni az épület védelmére is, hiszen tübb bakugan van egyszerre. Majd helyreállnak az épületek. Spectráék ezután akcióba lendülnek.  És valamelyik bakuganunk továbbfejlődhet.

Ellenfél: Ventus Hylash, Ventus Altair, Ventus Wired, Ventus Kristály

Megnyitható bakugan: Aquos Minx Elfin vagy Darkus Midnight Percival vagy Ventus Master Ingram vagy Haos Saint Nemus vagy Subterra Magma Wilda

10. Helyszín: Egyiptom- Oázis; Történet: Keresés az ásatásnál!
    

Az ásatásnál Egyiptomban van a vexos. Ott van néhány katona. Miután odaért a karakter Baronékkal, kihívja őket, aztán pedig szembe kell néznie a Scorpionokkal. Végül győz, és helyreáll minden, hiszen az épületet is megvédte. Még egy bakugan átalakul most már. Mira pedig bevallja, hogy ő kémkedik. Még egy darabját meglelik Maruchoék a Maxus alaknak, mégpedig Darkus Dark Houndot.

Ellenfél: Ventus Pyrus Scorpion, Pyrus Kristály, Pyrus Metalfencer

Megnyitható bakugan: Aquos Minx Elfin vagy Darkus Midnight Percival vagy Ventus Master Ingram vagy Haos Saint Nemus vagy Subterra Magma Wilda

11. Helyszín: Egyiptom- Külvárosokban; Történet: Belopakodás a vexos bázisba!
    

Megérkeznek Egyiptomban a vexos helyére, ott pedig Gus és Spectra várja őket. Gus rájuk küld Subterra Hexadosokat, de azokat könnyen legyőzi a karakter. Aztán Spectra bedobja Mechanical Heliost, viszont ő sem elég erős. Azonban Maxus Helios elsöpri Dragot, Mira pedig átadja Dragot a testvérének, viszont az becsapta, és csak Dragot akarta, ezért otthagyja. Mira nagyon szomorú, a többiek megbocsátanak neki, azonban ő elfut. Egy újabb bakugan átalakul.

Ellenfél: Subterra Hexados, Pyrus Mechanical Helios

Megnyitható bakugan: Aquos Minx Elfin vagy Darkus Midnight Percival vagy Ventus Master Ingram vagy Haos Saint Nemus vagy Subterra Magma Wilda

12. Helyszín: Egyiptom- Romok; Történet: Találd meg Mirát!
    

Mira elfutott, és minden bizonnyal a romok közelében tartózkodik. A karakter, és Danék odamennek. A karakter Heliost túl erősnek találja, aztán pedig elindul megkeresni Mirát. Miután megtalálta, meglátják hogy Gusszal hadakozik éppen. Azt akarja, hogy Gus adja oda Dragot. Gus felajánlja hogy odaadja Dragot, ha legyőzik őt egy bakugan csatában. Előbb Balitonokat, aztán Primo Vulcant küldi be. Közben védeni kell a szfinxet. Végül győz a karakterünk, majd helyreállnak az épületek. Gus elmondja hogy becsapta őket és elmenekül. Aztán megjelenik Abyss, majd eltűnik. Maruchoék megtalálták a következő Maxus darabot: Aquos Grafiast.

Ellenfél: Subterra Baliton, Subterra Primo Vulcan, Subterra Kristály

Megnyitható bakugan: Aquos Minx Elfin vagy Darkus Midnight Percival vagy Ventus Master Ingram vagy Haos Saint Nemus vagy Subterra Magma Wilda

13. Helyszín: Amerika- Üzleti Negyed; Történet: A kristály vezetője felé
    

Danék elindulnak Amerikába, ahol találkoznak Shunnal is. A karakternek el kell jutnia a vexos kristályhoz. Ez végül megy neki, de ott szembe kell néznie Lync és Volt párosával. Most már ketten mennek ellene. Három épületet kell megvédenie. És kétszer küldik be a bakuganjaikat, szóval éppen hogy sikerül a karakternek, helyreállnak az épületek is. Aztán Lync és Volt elmenekül. Egy újabb bakugan átalakulhat.

Ellenfél: Subterra Baliton, Subterra Primo Vulcan, Subterra Kristály

Megnyitható bakugan: Aquos Minx Elfin vagy Darkus Midnight Percival vagy Ventus Master Ingram vagy Haos Saint Nemus vagy Subterra Magma Wilda

14. Helyszín: Amerika- Főutca; Történet: A kristály vezetője felé
    

Danék elindulnak a következő kristályhoz. Amely szintén Amerikában van. A karakter végigmegy a pályán, majd a végén megtalálja Shadowt és Mylenet. Ők a kristály védelmezői. Ki kell állni ellenük. 2 körös a csata, egy épületet kell védeni. Az első körben Elicot és Hadest, a másodikban pedig ugyanezeket, pluszban Tripod Thetat kell legyőzni. Miután sikerül, visszaállnak az épületek, Myleneék pedig elmenekülnek. Maruchoék megtaláltak még egy bakugan trapet a Maxus alakhoz. Haos Brachiumot.

Ellenfél: Aquos Elico, Darkus Hades, Aquos Tripod Theta, Aquos Kristály, Darkus Kristály

15. Helyszín: Amerika- Belváros; Történet: A kristály vezetője felé
    

A végső csata már közeleg, de előbb el kell intézni Gust, hogy bejuthasson a karakter a vexos bázisba. Gus bekeményít, 4-féle kristály, Hexadosok, majd Vulcan is. Miután Gus vesztett, helyreállt az összes épület, így megnyílt az út Spectra és Drago felé.

Ellenfél: Subterra Hexados, Subterra Primo Vulcan, Subterra Kristály, Pyrus Kristály, Darkus Kristály, Haos Kristály

16. Helyszín: Vexos Bázis; Történet: Belopakodás a vexos bázisba!
    

A Vexos bázisba bejutottak Danék, meg a karakterünk, mikor a végére érnek meglátják Dragot, és Spectrát. Drago most Spectráért szenteli az életét. Harcba keveredik a karakterünkkel Spectra, s végül veszít. Aztán Spectra elmegy az alternatív Föld magjához! Drago nagyon örül hogy megmentették. És végül Spitarmot is megtalálják, a Maxus alak utolsó darabját.

Ellenfél: Pyrus Cross Dragonoid

Megnyitható bakugan: Maxus Dragonoid

17. Helyszín: Föld Magja; Történet: A végső harc:
    

Spectra itt is kiváltképp erőmániás, éppen ezért is kihasználja azt, hogy Abyssnek magas energiája van. Összekapcsolja Maxus Heliosszal, így Helios magas energiát nyer, s még Maxus Dragonoidnak sincs esélye ellene. Ám ekkor Abyss azt kéri hogy pusztítsa el Maxus Dragonoid. Vonakodva, de megteszi, Helios ereje megcsappan, majd Drago felülkerekedik rajta, hála a megtisztult Föld Magjának. A karakter odaadja Danéknek a bakuganjaikat, majd Mira megkéri Spectrát hogy maradjon vele. A karakter végül hazajut…

Ellenfél: Pyrus Maxus Helios, Abyss

Megnyitható bakugan: Haos Brontes, Ventus Altair, Aquos Elico, Darkus Hades, Pyrus Mechanical Helios, Subterra Primo Vulcan