Arc 1: Dan, Shun és Marucho folytatják a kalandjaikat az Interspaceben. Maruchohoz érkezett Gundaliaról egy bakugan, Shunhoz meg Neathiáról. Ők Tristar és Taylean. Dannek maradt Drago a partnere, azonban most, új ellenfelek jelentek meg az Interspaceben, a Team Anubias és Team Sellon. Dan először szembenéz valamilyen teammel amit könnyedén legyőz, azonban közben Drago lát valamit, azaz valakit. Később Dan is álmodik ugyanarról, végül szembe kell néznie a Team Anubias egyik tagjával, Bennel, és nagy nehezen győznek. A 2. részben Danék az elején beszélgetnek, aztán Danék elmennek edzeni, míg Marucho és Tristar harcol a Team Anubias ellen. Végül Drago és Razenoid között kialakul valamilyen kapcsolat, teremtenek 1-1 Mechtogant. Zenthon azonban túl erős Dragonak, ezután Zenthon otthagyja őket, és legyőzi Tristart és Krakenoidot. Majd Anubias és Sellon harcolnak ellene. A harmadik részben Anubias és Dan csaptak össze, végül Dan gyávasága miatt, és Anubias elszántsága miatt Anubias és Horridian nyert. A negyedik részben Dan és Drago próbáltak titokban edzeni, de Shunék megtalálták, majd amikor megjelent Zenthon, segítettek neki. Aztán Sellon ellen kellett volna harcolnia Dannek, de Shun is beszált, így Chris is. Majd végül Danék nyertek, de Shunnak nagyon fura lett Sellon viselkedése. Az 5. részben Dan összeveszett Shunnal, megjelent egy új Team, a Team Tri-Twister, nekik Mag Mel adott bakugant, vajon letudták győzni őket Shunék Dan nélkül? A 6. részben harcolt újra Dan és Anubias, majd Dan elvesztette az irányítást és Drago is, végül kizárták a bajnokságból őket és Anubias lett a elsőszámú. A 7. részben megjelentek a BakuNanok, először Anubias, majd a Bash Brothers használta. Végén Dan és Drago visszatértek New Vestroiába. A 8. részben Danék utaztak New Vestroiában, majd találkoztak Amazonnal, aztán Preyasszal. Harcoltak Amazon ellen, viszont végül nem lett befejezve a csata. Shun pedig elkezdte a Battle Brawlerst újra felemelni. A 9. részben Anubiast elküldte Mag Mel, hogy intézze el Dragoékat. A 10. részben egy királyi csata alakult ki, amit Shun megakart állítani, de végül megidézte Silent Strikeot, és bekellett avatkozniuk Paigéknek, akiket Princess Fabia küldött. A 11. részben Maruchot az apja döntés elé állította, hiszen meg kell mentenie az Insterspacet, és ezért azt kérte az apja hogy lépjen ki. Fényképeket nézegetvén, és Tristar épész érvei után, úgy döntött nem lép ki, majd ment egy menetet Jack ellen, és nyert. Kato és az apja büszkék voltak rá. A 12. részben egy új verseny indult meg, egy zászlófogó verseny, amelyben a Team Sellon, Team Battle Brawlers és Team Anubias is részt vett. Végül Paige és Boulderon nyert, pedig Braxion majdnem megállította őket. A 13. részben, Marucho aggódott Shunért, majd bajnoki csatákban vettek részt, és végül Shun nyert. A 14. részben Dan és Drago edzettek az elején, és Shun meg Marucho a team Anubias ellen harcoltak. A 15. részben Spectra végre megérkezik, és megmutatja Helios igazi erejét. Amely már a sötétség, és nem a tűz. A 16. részben Marucho a B területtel együtt elpusztította a káosz bakuganokat, aztán Mag Mel végül kiszabadul sikeresen, és megindítja a káosz bakugan seregeit Gundalia ellen. A 17. részben Danék Gundaliara mentek, elkezdett támadni Mag Mel, kiderült hogy tudott arról amit terveznek. A 18. részben Dan el akart menni Mag Melhez, de Shun megakadályozta, aztán rájuk támadt Anubias és Sellon, végül legyőzték őket Maruchoval. A 19. részben Danék bejutottak a kastélyba, majd találkoztak Mag Melékkel, összecsaptak, és végül úgy tűnik hogy Danék nyertek, de még koránt sincs így. A 20. részben Danék visszatértek, és szembe kellett nézniük Sellonnal és Anubiasszal, akik ellenségek! A 21. részben Sellon befurakszik a bunyósokhoz, mindezt csak azért teszi, hogy megszerezhesse a kulcsot Dantől, amely végül sikerül neki, odaviszi Mag Melnek, de az nem úgy jutalmazza meg, mint gondolta. A 22. részben Anubias úgy dönt, hogy bosszút akar állni Danen, ám végül nem megy neki, ugyanis Mag Mel megakadályozza hogy a harc végetérjen. A 23. részben úgy döntött Dan, hogy meg akarja találni Mag Melt, a kapcsolatot közöttük kihasználja, így megkűzdenek egy furcsa helyen, de végül felébrednek. A 24. részben Mag Mel megtámadta az Interspacet, amikor megtudta hogy elkészült egy új csatlakozási pont, végül Spectra segítségével mindenki megszabadult, azonban Mag Mel elszívta az energiát, amely az Interspace törlése okozott. A 25. részben Mag Mel megtámadta a Földet a káosz bakuganokkal, Dreadeon klónokkal illetve Razen Titan klónokkal, az embereket átküldte egy Sötét Földre, hogy ne legyenek útban a harc közben. A 26. részben végül elérkezett a végső összecsapás, hogy ki lett a győztes? Nézzétek meg a részt!

Arc 2: A bakugan bunyó, már a Bakugan Cityben folyik, amely nem digitális. Minden bakugan Vestroiáról már átment a Földre, és együtt élnek az emberekkel. Azonban megjelennek valakik, akik mindezt tönkre akarják tenni, s kiírtani a bakugan fajt. A 28. részben megjelenik egy új gonosz, Wiseman, aki együttműködik a Nonet Bakuganokkal, továbbá a Mechtoganokkal is a 27. részből. Mira pedig rájött egyre és másra a Dragonoid Destroyert illetően. A 29. részben a Nonetek újra Wisemannel tartanak, de most csak Kodokorék, harcolnak Dan és Drago ellen, a három az egy ellen elég jól megy nekik, végül Doomtronicokkal felszerelve, és Reptak segítségével majdnem legyőzik őket, de egyesülnek Gliderakká, Dragoéknak is egyesülésre van szükségük, hogy nyerhessenek. A 30. részben Jaakor találkozott tanítványaival, akik úgy döntöttek, visszatérnek New Vestroiába, Shun beleegyezik, ám amikor Jaakor elmenne, Shun egy kisslé bajba keveredik, ugyanis megjön a gonosz Wiseman. A 31. részben Radizen gondban volt, hiszen már csak ő az egyetlen, akinek nincs kombinációja, Roxtor megpróbál segíteni, azonban ő nem fogadja el, ám amikor Volkaosszal kell szembenéznie, sikerül egyesülniük, Betakorrá. A 32. részben Wiseman újabb rendbontást okoz, Danék persze hogy odamennek, azonban előhívják a gonoszak Mechtaviust, aki kiüt mindenkit. Mira mivel elfáradt, nem tud segíteni, valakire szükségük van, vajon ki az? A 33. részben Dan és Runo kiugrottak egy kicsit Bakugan Landbe, ahol találkoztak Julieval. A Bakugan land, most egy kissé üres, mindez Wiseman hibája, végül megjelenik Wiseman is, de az emberek és bakuganok kapcsolata erősebb lesz végül! A 34. részben egy esős napon újra feltűnt egy régi ismerős, akinek Reptak nagyon örült, azonban a vége az egésznek szörnyű lett, hiszen kiderült, hogy Gunz Wiseman, és sikerült ellopnia három Battle Suit adatát. A 35. részben máris semmissé vált az előző rész híre, hiszen Balistának hála, rá kellett jönnünk, hogy aki a Bunyósok ellen harcol nagy erőkkel, nem Reptak partnere. A 36. részben végül elérkezett Wiseman győzelmének az ideje, azonban ez a győzelem az emberek és bakuganok kötelékének semmi jót nem jelent! A 37. részben Danék összekaptak, de végül amikor kellett már kibékültek. Összecsaptak újra Mechtaviusszal, és két új Mechtogan segítségével győzelmet arattak. A 38. részben egy furcsa bakugan érkezik a Földre, Aerogan, aki ki akarja próbálni magát. Végül találkozik Runoval, és a társa szeretne lenni, azonban jön Wiseman, és Dan is megérkezik. Egy csata bontakozik ki, de Danéknek elkél a segítség a győzelemhez. A 39. részben Orbeum és Skytruss sikeresen Wiseman szigetére vezették a Bunyósokat, ám nem számítottak arra, hogy a feltámadt Mandiborék olyan szinten erősek lettek, hogy könynedén legyőzik őket. A 40. részben Wiseman terve elérte a tetőpontját, nem volt szüksége túl sok energiára, végül mikor Gliderak a földre került, átalakult, kiderült hogy ő Coredegon! A 41. részben Wiseman más valaki lett, miközben a Bunyósok vesztettek Mechtavius ellen. Megjelent az új Wiseman, aki nem más mint Gunz, ám a Bunyósok megkapták a jegyüket a Végzet Dimenzióba. A 42. részben Gunz és Mechtavius összecsaptak, szerencsétlen csata volt, hiszen a Nonetek nagyrésze meghalt. Betadron és Gunz átment a Doom Dimensionbe, hogy kihívják Dragot és Dant. A 43. részben összecsapott Betadron és Drago, amelyből győztesként Drago jött ki, de Worton rossz híreket mondott el. A 44. részben elindultak a múltba a Bunyósok, víziókat láttak, eközben Mechtavius elpusztította az összes bolygót, ahol bakugan élt, Betadron és Worton áldozatával visszajutottak a múltba, hogy megakadályozzák Mechtaviust. A 45. részben Mechtavius és a Bunyósok összecsaptak, Runo segített a felfegyverkezésben, Mira és Julie pedig elmentek a Volcano Islandhez. A 46. részben Dragonoid Destoyer megsemmisítette Mechtaviust, Dan és Gunz végre lejátszották a csatájukat, és Dan elhagyta Bakugan Cityt.